Thayil wurde 1960 in Seattle geboren und wuchs im Chicagoer Vorort Park Forest auf. Seine Eltern kamen aus dem Bundesstaat Kerala in Indien nach Seattle. Sein Vater Boniface Thayil studierte Chemieingenieurwesen, bekam eine Anstellung in Chicago und zog mit seiner Familie dorthin. Thayil begann mit 12 Jahren, Texte zu schreiben.